一周目：
炎帝：112号道路热焰小径左上角
急冻鸟：113号道路寒冰小径右上角
雷公：新紫堇入口右拐
雷吉洛克：激活海底遗迹后111号道路沙漠最南端的沙漠遗迹
雷吉艾斯：激活海底遗迹后105号水路西北方的小岛横穴
雷吉斯奇鲁：激活海底遗迹后120号道路的古代坟墓
雷吉奇卡斯：抓完雷吉洛克，雷吉艾斯，雷吉斯奇鲁后的海底遗迹
烈空坐：烈空坐平息固拉多、盖欧卡战斗的剧情结束后，天空之柱顶层
闪电鸟：流星瀑布最深处
水君：彩幽市瀑布洞
凤王：抓完城都三神兽后，去116道路的瀑布上的左边洞穴
火焰鸟：冠军之路2层的右上角
洛奇亚：抓完关东三圣鸟后，去116道路的瀑布上的右边洞穴
二周目：
拉帝亚斯、拉帝欧斯：二周目开始跟妈妈对话，选择的那个全地图随机遇;在水静市灯塔附近的水手处得到梦幻船票，之后坐船去南方小岛可捕捉没选的那个
固拉多：询问天气研究所2楼的博士
盖欧卡：询问天气研究所2楼的博士
基拉祈：对战开拓区获得全部7个银象徽后与亚希达对话获得许愿星，之后去绿岭市，调查一块白色岩石
梦幻：对战开拓区获得全部7个金象徽后与亚希达对话获得古代航海图，之后坐船去遥远的孤岛
代欧奇希斯：(醒来之后)绿岭市宇航中心2楼的博士处得到船票之后坐船去诞生之岛
超梦：(醒来之后)石之洞窟推石进入的洞里与前火箭队研究员对话选否获得破坏因子之后去120号道路沉寂之窟
盖诺赛克特：捕捉超梦后送神火山顶部调查墓碑进入反转世界断罪之间 需打败前火箭队研究员
谢米：捕获盖诺赛克特后轮回镇一青年处获得冥界之花，再与绿荫镇右下角一女子对话获得感恩之花，最后去赛诺地区缤纷之路的北面花之海
三周目：
时拉比：橙华森林湖中心的森林
达克莱伊：赛诺地区月魇镇左上角房子睡觉
骑拉帝纳：二周目捕捉/打败盖诺赛克特后三周目战胜恶属性道馆在反转世界尽头遇到(未战胜恶系道馆之前无法抵达骑拉帝纳所在区域)
克雷色利亚：赛诺地区梦源镇右下角房子睡觉
比克提尼：赛诺地区红莲之窟
帝牙卢卡：赛诺地区寐龙镇源初之山顶部的静止之刻
帕路奇亚：赛诺地区寐龙镇源初之山顶部的断空瀑布
莱希拉姆：赛诺地区沉默地下街调查神秘文字后，幻龙之塔左边的现实之间
捷克罗姆：赛诺地区沉默地下街调查神秘文字后，幻龙之塔右边的理想之间
玛纳霏：赛诺地区流逝之海潜水到深海之殿
凯路迪欧：赛诺地区谅解之路右边的清澈溪流顶部
焰白酋雷姆：抓完莱希拉姆和捷克罗姆并与阿克罗玛交谈后，浅滩洞穴深处的调和之间
暗黑酋雷姆：抓完莱希拉姆和捷克罗姆并与阿克罗玛交谈后，赛诺地区永冻之窟深处的调和之间
阿尔宙斯：捕获帝牙卢卡，帕路奇亚和骑拉帝纳，魅影摩天楼全部地区通过后击败艾沃利获得天界之笛，去源初之山顶部创世神殿(身上不得带大师球)
其他：
暗黑洛奇亚：5.0版本删除
酋雷姆：5.0版本删除
席多蓝恩：5.0版本删除
非传说宝可梦：
皮卡丘色的皮丘(闪光皮丘):121号道路
红色暴鲤龙:野生原野区左上方的水池
水晶大岩蛇:战斗边疆艺术之洞2层冰岩
紫色索罗亚克:5.0版穿墙可见